肥水是辣椒的“食物”。辣椒根系具有喜湿不耐涝、喜肥不耐浓肥的特性。因此在浇水施肥时特别注意，遵循“少量多次”的原则，小水勤浇、分次追肥，减少对辣椒根系的伤害。
水是根系生长重要的决定因素。定植后前几水浇得好，可以促进根系深扎，提高根系的抗逆性。辣椒根系对积水非常敏感，经科学实验证明，积水超过6小时，毛细根即开始死亡；超过24小时，辣椒的整个根系死亡。因此，辣椒栽培时，除定植水外，每次都应浇小水。辣椒不同时期需要的养分有所不同，需要根据辣椒不同的生长时期进行调整。苗期，水肥需要量极少。以营养生长为主，需氮量较多。育苗基质中一般添加了较多的肥料，可以满足苗子的需要。若出现脱肥症状，可以随水追肥解决。从辣椒根系的吸肥特点和需肥规律出发，辣椒根系适于生长在有机质含量高的土壤中。每亩施用充分腐熟的鸡鸭粪8至12立方米，深翻，利于根系的发育。辣椒吸收水肥主要集中在结果期，此时要及时追肥，可以随水冲施高钾复合肥。
